Za formalnu organizaciju građe odabran je raspored u zbirke nazvane prema vrsti izvorne građe - grafička građa s podzbirkama arhitektonski nacrti, dopisnice, foto-albumi, fotografije, povelje i diplome, razglednice, potom kartografska građa, knjige, knjige za djecu i mladež, notni zapisi, rukopisi, serijske publikacije, sitni tisak i zvučni zapisi.

Od 2013. godine unutar zbirke Grafička građa dostupna je nova podzbirka Portretne fotografije koja dokumentira rad važnijih zagrebačkih fotografa s kraja 19. i početka 20. st., a od 2014. podzbirka Povelje i diplome,  koja svjedoči o tradiciji pjevačkih i drugih društava u Zagrebu.